Secondo la Lista Rossa delle Farfalle Europee (IUCN 2010), il 31% delle specie presenta popolazioni in declino. Principali cause sono la perdita di habitat o di connettività tra habitat, in seguito a cambiamenti nelle pratiche agricole, sia per intensificazione che per abbandono. Importanti minacce sono rappresentate anche dai cambiamenti climatici e da uno sviluppo incontrollato del turismo. 

In Italia sono presenti 16 specie elencate negli Allegati della Direttiva Habitat (92/43/CEE), nata con lo scopo di tutelare gli habitat naturali e semi-naturali di interesse comunitario.

Molte specie minacciate presentano esigenze ecologiche ristrette, riflesso della loro diversità genetica in molti casi non ancora sufficientemente nota: colmare queste conoscenze è il punto di partenza fondamentale per mettere in atto un piano efficace di  conservazione.